Отдел по работе с членскими организациями занимается внедрением дисконтных карт членам профсоюза, ведением учета и анализа деятельности членских организаций, организацией встреч, конференций и других мероприятий с участием членских организаций, оказанием методической помощи в подготовке и реализации профсоюзных проектов и мероприятий, мониторингом выполнения членскими организациями уставных требований и решений органов ФПСК.